Чем занимался Бондаренко в следующие несколько лет, в открытых источниках не говорится. Известно, что в 2001-2002 гг. он был заместителем председателя общественной организации «Лига украинской молодежи».
В это же время будущий мэр Черкасс переходит на госслужбу и становится председателем поселкового совета в Лысянке. В этой должности он пробыл три года, после чего в 2005-2006 гг. становится главой местной районной госадминистрации.
В это же время Бондаренко обучается на факультете экономики и управления Черкасского государственного технологического университета. В 2012 году он получил второе высшее образование, закончив Уманский национальный университет садоводства, факультет экономики и предпринимательства.
Далее будущей мэр оставляет госслужбу и уходит в бизнес, где остается вплоть до 2013 года. Сначала он занимал пост замдиректора аграрной компании «Нибулон», после чего начал собственное дело. Параллельно с этим Бондаренко вступает в партию «Батькивщина», от которой безуспешно пытался избраться в Верховную Раду по мажоритарному округу на выборах в 2012 и 2014 гг. С 2010 года — лидер черкасской парторганизации «Батькивщины». Трижды избирался в черкасский облсовет.
C 2014 года — помощник народного депутата, своего соратника по партии Алексея Рябчина.
Еще через год, в 2015-м, Бондаренко стал мэром Черкасс.
С именем Анатолия Бондаренко связано несколько скандалов и уголовных дел. Так, в течение уже трех лет его проверяют по статье о недостоверном декларировании доходов. Выяснилось, что мэр не указал в декларации джип, на котором он передвигается по городу, при этом само авто оказалось записано на его мать.
С этим же джипом связан и другой скандал, о котором удалось узнать СМИ. В 2019 году Бондаренко решил продать машину некоему предпринимателю Македону Рустамяну по цене, в девять раз превышающей первоначальную стоимость транспортного средства. Как выяснилось позднее, Рустамян — давний партнер черкасских властей, за один лишь год он получил свыше 6 млн гривен (16,4 млн рублей) на ремонт улиц. При этом все подряды бизнесмен получил вне конкурса, зарегистрировавшись как предприниматель за несколько дней до заключения первого договора с мэрией Черкасс.
Кроме этого, в своем время Бондаренко подозревали в препятствовании работе депутатов горсовета. В 2018 году он тайком от оппозиции и СМИ собрал сессию городского совета в помещении музея имени Тараса Шевченко на Чернечей горе в Канаве, после чего прокурорам пришлось три дня буквально ловить Бондаренко для вручения подозрения. Мэр избегал встречи с правоохранителями и даже прятался от них в своей машине.
В конце апреля 2020 года Черкасский горсовет, вопреки решению центрального правительства, ослабил ограничения в рамках борьбы с пандемий коронавируса. В городе возобновили работу летние площадки кафе и ресторанов, салоны красоты, различные магазины, также для жителей открылись парки и скверы. Данные действия вызвали критику со стороны министра внутренних дел Арсена Авакова, который назвал черкасского мэра «заигравшимся», а также со стороны президента Владимира Зеленского, который пригрозил Бондаренко уголовными последствиями. В ответ тот заявил, что властям не удастся его запугать, и пообещал сопротивляться, если начнется его преследование.
В мае на пресс-конференции президент Владимир Зеленский, комментируя преждевременное смягчение карантина в Черкассах, назвал Бондаренко бандитом, заявив, что тот имеет 19 уголовных производств. В ответ Бондаренко подал против президента иск о защите чести и достоинства на 1 гривну в Печерский районный суд Киева.
Осенью Бондаренко объявил, что принял решение выставить свою кандидатуру на местных выборах, которые пройдут на Украине 25 октября.
Женат, имеет двух дочерей и сына. Супруга Бондаренко является совладелицей и руководителем ООО «Премиум-качество», которое занимается производством молока, сыра и масла. Брат мэра — председатель исполкома Лиснянского сельсовета. Мать Бондаренко владеет таксомоторным бизнесом, который он в свое время ей передал.
