Ранние годы Николая Самокиша прошли в селе Носовка, в 30 км от Нежина, в семье деда по матери — черниговского казака Дмитрия Ивановича Сеника.
«Носовка была старинным казацким селом, там сохранялись ещё памятники далёкого боевого прошлого. (…) В центре были видны остатки вала и рва, ограждавших село от грабительских набегов крымских татарских орд. На главной площади стояли пушки времён Богдана Хмельницкого. (…) В кладовой деда висела большая казацкая сабля, принадлежавшая прадеду — предмет восхищения маленького Мыколы Самокиша» — пишет биограф художника Полканов.
С восьми лет Николай воспитывался в доме родителей в Нежине. Там он окончил четыре класса Нежинского историко-филологического института, созданного на базе «Гимназии высших наук и лицея князя Безбородко», где до него учился Гоголь. Там же у учителя рисования Музыченко-Цыбульского он ознакомился с азами рисунка и живописи.
Первая попытка поступить в Императорскую Академию художеств Самокишу не удалась, но он был принят вольнослушателем в батальную мастерскую профессора Виллевальде. Через год посещения занятий Николай Степанович был принят в действительные студенты. Учился в Императорской Академии художеств Самокиш с 1879 по 1885годы, по классу Богдана Павловича Виллевальде, а также посещал занятия у Чистякова и Якоби. Именно профессор Виллевальде увлек ученика батальным жанром, а профессор Чистяков познакомил молодого малоросса с исторической живописью.
Самокиш быстро начал добиваться успехов.
Уже в 1881 году он получил малую золотую медаль за картину «Возвращение войск на родину», а год спустя издал первый альбом офортов, выполненных под руководством Л. Е. Дмитриева-Кавказского. В 1884 году Николай Степанович был награждён второй малой золотой медалью за картину «Эпизод из битвы при Малом Ярославце», а картину «Прогулка» приобрёл для своей галереи знаменитый меценат и коллекционер Павел Третьяков. В 1885 году за дипломную работу «Русская кавалерия возвращается после атаки на неприятеля под Аустерлицем в 1805 году» живописец получил большую золотую медаль и звание классного художника 1-й степени. После этого он три года совершенствовался в Париже под руководством известного баталиста Эдуарда Детайля. В 1890 за работу «Табун маток Ново-Томниковского конного завода» удостоен звания академика.
В 1888 году Самокиш ездил на Кавказ для сбора материалов для картин, заказанных Тифлисским военно-историческим музеем. Там он создал три полотна на сюжеты Кавказской войны, которые принесли ему известность как баталисту: «Сражение при Авлиаре», «Баталия при речке Иори», «Защита Наурской станицы». Тогда же благодаря заказам того же музея взошла звезда другого русского баталиста — Франца Рубо, впоследствии — автора трёх выдающихся панорам. Картины молодых художников заняли свои места рядом с полотнами знаменитого Айвазовского.
И всё же не эти молодые люди были законодателями мод в русской батальной живописи, и не только московский купец Третьяков и провинциальные музеи были заказчиками такого рода полотен. Самым прославленным в мире русским баталистом был Василий Верещагин, а главным заказчиком — сам Александр III, создавший на базе своей коллекции Русский музей. Государь Верещагина на дух не выносил. Еще будучи наследником, он так сформулировал своё отношение к живописцу: «Всегдашние его тенденциозности противны национальному самолюбию и можно по ним заключить одно: либо Верещагин скотина, или совершенно помешанный человек».
А вот к Самокишу августейшая фамилия благоволила.
Кроме картин для Тифлисского музея художник подготовил цикл рисунков о пребывании Александра III в Кахетии. Конференц-секретарь Академии художеств Исеев показал рисунки Самокиша великому князю Владимиру Александровичу, бывшему тогда президентом Академии. Тот, в свою очередь, представил рисунки наследнику Николаю Александровичу. Молодого художника рекомендовали к военному ведомству для зарисовок манёвров.
Как писала энциклопедия Брокгауза-Ефрона, «Им исполнено большое количество рисунков (преимущественно черченных пером) для различных иллюстрированных изданий, между прочим, для описаний коронования имп. Александра III и ныне благополучно царствующего Государя Императора».
Особенно прославила Самокиша книжная графика.
Вот лишь некоторые издания, над которыми он работал: «Великокняжеская, царская и императорская охота на Руси» (в 4 тт.), «Памятка Апшеронского полка», «История Нижегородского драгунского полка», «История лейб-гвардии кирасирского полка», «История кавалергардского полка», «История военного министерства» (в 8 тт.), «Коронационный сборник», А.В. Елисеев «По белу свету», «История Нежинского драгунского полка», «Севастополь и его славное прошлое», «Императорская паровая яхта "Александрия" 1851-1901», «Великая война в образах и картинах» (1915) и «Русским героям Сербии и Черногории» (1915).
Но наибольшую известность принесли ему не дорогие фолианты, а иллюстрации в массовом журнале «Нива» и монументальный путеводитель «По Азии» будущего атамана Краснова. По заданию «Нивы» в мае 1904 года Самокиш уехал на фронт и работал там над циклом «Летопись войны с Японией» до конца года. Результатом поездки на фронт также стал альбом «Война 1904-1905. Из дневника художника». Картину «Ляоян. 18 августа 1904 года в 1910 году поместили в военную галерею Зимнего дворца.
В 1915 году профессор Самокиш сформировал, с Высочайшего разрешения, «художественный отряд» из пяти учеников батального класса Академии художеств (Р. Р. Френц, П. И. Котов, П. В. Митурич, П. Д. Покаржевский, К. Д. Трофименко) и выехал на фронт Первой мировой войны. Это уникальный случай в истории искусства: художественная практика на фронте.
Революция и Гражданская война не низвергли Самокиша.
Он отказался эмигрировать и навсегда расстался с первой женой, с которой прожил 31 год. Правда, с Петроградом пришлось расстаться. С тех пор он жил в Евпатории, Харькове и Симферополе.
В советский период Самокиш создал живописные циклы о Гражданской войне («Разведка» (1923), «Пулемётная тачанка» (1930), «Н. А. Щорс в бою под Черниговом» (1938). Он был привлечён консультантом при создании панорамы «Штурм Перекопа», им были выполнены работы «Переход Красной Армии через Сиваш» (1935, Сталинская премия 1941 г.), «Штурм Перекопа», «Штурм Перекопского вала» и др.).
Продолжал работать он и в украинской тематике: известны его полотна «Въезд Богдана Хмельницкого в Киев в 1648 г.» (1929), «Бой Богуна с Чернецким под Монастырищем» (1931), «Бой Максима Кривоноса с Иеремией Вишневецким» (1934), «Гетманцы» (1934) и др.).
В связи со 125-летием со дня рождения Тараса Шевченко Николай Самокиш подготовил две работы: «Разгон демонстрации трудящихся Киева в 1914 году, посвящённой 100-летию со дня рождения Т. Шевченко» и «Царские жандармы везут Шевченко в ссылку».
Начало Великой Отечественной войны Самокиш встретил в Симферополе. В первые дни войны он опубликовал воззвание в газете «Красный Крым», а затем 6 июля 1941 года 81-летний художник выступил на митинге трудящихся крымской столицы.
Вскоре полуостров был оккупирован, и старый живописец ужился и с новыми хозяевами. С почтением относился к нему коллаборационистский листок «Голос Крыма». В 1942 году художник вновь женился на вдове своего коллеги, которая работала в городской управе. 18 января 1944 года Н. С. Самокиш скончался.
Помимо Симферополя его именем названы улицы в Харькове, Евпатории и Нежине.
