Это был первый (но не последний) её арест. До этого за ней числились только задержания. Например, в 1995 году её задержали в аэропорту Запорожья с сумкой, наполненной $ 26 тыс., которые она везла в Москву. Тогда её вытащили ходатайствами министра Кабмина Валерия Пустовойтенко и олигарха Виктора Пинчука.
В этот рез ситуация была не такая. Тут речь шла не о случайном задержании (по сути, она случайно оказалась в Запорожье — должна была лететь из Днепропетровска, где таможенники были проинструктированы), а о целенаправленной и политически мотивированной акции. И дело, конечно, было связано вовсе не с тем, с кем ходил в баню заместитель Генпрокурора Николай Обиход (сама Тимошенко тоже много с кем парилась), а с серьёзными перестановками на рынке энергоресурсов.
В декабре 1999 года Тимошенко стала вице-премьером по ТЭК в правительстве Виктора Ющенко. Тогда сложилась уникальная ситуация — Леониду Кучме, только что победившему на президентских выборах, нужно было получить гарантии продолжения сотрудничества с МВФ. На Западе настоятельно советовали назначить председателем правительства главу Национального банка Ющенко. Кучма не только назначил его, сняв верного Пустовойтенко, но и дал возможность сформировать Кабмин, хотя именно Тимошенко, тесно связанную с экс-премьером Лазаренко, он бы предпочёл видеть не в правительстве, а в тюрьме.
В результате, Тимошенко с присущей ей бурной энергией занялась переделом энергетического рынка страны. Специфика ситуации состояла в том, что ей-то терять было нечего — Единые энергетические системы Украины были выжаты и из рынка, и вообще (как лимон). Личного интереса у Тимошенко не было, зато было знание схем, которые позволяли зарабатывать на дешёвом российском газе её коллегам по рынку.
В итоге она оказалась, пожалуй, самым полезным министром в правительстве Ющенко. Во всяком случае, никто больше неё не принёс средств в государственный бюджет, которые позволили Ющенко осуществлять социальные программы, резко поднявшие его рейтинг (собственно, он и до этого был высок — в 1998 году Кучма от него сильно отставал). Это было особенно заметно на фоне того, что сам-то Ющенко с задачами, которые пред ним ставились, не справился — в кредитах ему было отказано (из-за злоупотреблений — средства МВФ «крутил» его брат, о чём сам Ющенко, конечно же, «не знал»).
При этом Тимошенко, совершенно естественно, ухитрилась вступить в конфликт буквально со всеми бизнесменами, занимавшимися операциями с газом — ведь им пришлось делиться, и делиться многим… Тут произошло совмещение заказа бизнесменов и политиков, направленного как против Тимошенко, так и против Ющенко.
Первым пострадал муж Тимошенко Александр, которому были предъявлены обвинения в махинациях при торговле металлопрокатом. Юлия Владимировна отреагировала на это как на угрозу и начала защищаться политически — 9 февраля 2001 года она, вместе с Александром Морозом, стала одним из создателей Форума национального спасения, ставившего целью отставку Кучмы (в это время уже довольно долго продолжались направленные против президента акции протеста, обвиняемого в убийстве журналиста Георгия Гонгадзе и иных прегрешениях).
У власти выбора не оставалось. 19 января Тимошенко была освобождена от своей должности (Ющенко дотянул до апреля), а 13 февраля — арестована. В Лукьяновском СИЗО Киева она провела 43 дня.
Сначала против нее были возбуждены дела за контрабанду газа и подлог документов, а потом за уклонение от уплаты налогов. Собственно арест был связан с обвинением в перечислении взяток на швейцарские счета Павла Лазаренко на сумму $ 79,6 млн.
Собственно, насколько можно судить, обвинения против Тимошенко были совершенно справедливы — подобные же можно было адресовать буквально любому бизнесмену, работавшему на газовом рынке. И именно это, видимо, послужило причиной того, что дело не стали доводить до суда.
Леониду Кучме было свойственно некое специфическое чувство справедливости. Ему казалось неправильным сажать одного человека за то, за что другой был награждён. Он только хотел припугнуть Тимошенко (психологически это была ошибка — её трудно напугать).
Второй момент был политико-юридический — доказательства вины Тимошенко были неубедительны. Не то, чтобы дело нельзя было расследовать качественно, просто в прокуратуре не хотели доводить дело до греха — ведь Тимошенко могла вернуться к власти…
Был и чисто политический момент — продолжающиеся акции протеста и давление Запада, где Тимошенко считали политической узницей.
27 марта Тимошенко была освобождена под подписку о невыезде. Решение об изменении меры пресечения принял председатель Печерского райсуда Николай Замковенко (пять лет спустя он стал народным депутатом от БЮТ). 30 марта её вновь попытались арестовать, но суд согласия не дал.
30 апреля 2002 Киево-Святошинский суд закрыл уголовные дела, возбуждённые в отношении Юлии и Александра Тимошенко, признав их незаконными. На выборы 2002 года Тимошенко пошла уже «чистой».
Это криминально-процессуальное приключение пошло Тимошенко на пользу, сделав её знаменем антикучмовских акций и обеспечив отличный результат БЮТ на выборах 2002 года. Собственно, Кучма сделал то, чего не могла сделать сама Тимошенко. На тот момент у неё был огромный антирейтинг из-за обвинений в сотрудничестве с Лазаренко, а в результате ареста этот антирейтинг был обнулён. Специально такую операцию не разработаешь…
Впрочем, позже времена доброго и справедливого Кучмы кончились. К власти пришёл тоже добрый и справедливый Янукович, при котором Тимошенко всё же села всерьёз. Но это была уже другая эпоха.